Universitas Telkom mempunyai laboratorium untuk penelitian yang menghasilkan limbah beracun, penanganan limbah beracun laboratorium tersebut sudah menggunakan standar yang sudah ditetapkan oleh dinas lingkungan hidup yaitu harus diolah terlebih dahulu sebelum limbah nya dibuang

Limbah beracun sisa eksperimen tersebut sebelum di buang sesuai dengan prosedur, terlebih dahulu dilakukan penetralisir atas limbah beracun tersebut, Proses penetralan limbah dari hasil sistem pengolahan Mesin Furnace ada 2 macam limbah yaitu limbah gas dan limbah cair

1. Limbah Cair

• Limbah bahan kimia cair hasil pembakaran dengan mesin furnace akan ditampung pada reservoir tampung (jeriken). Pengolahan akhir dari reservoir tampung akan diproses pada sistem pengolahan limbah cair ITB.
• Gelas ukur/wadah uji coba akan dibersihkan di wastafel dimana air pembuangan akan tertampung pada reservoir yang sudah berisi larutan Kalsium Karbonat ( CaCO3 ).
• Reservoir yang sudah penuh akan dialihkan ke grounding tank dengan pompa.

2. Limbah Gas

• Proses pembakaran dengan mesin furnace akan menghasilkan gas pembakaran yang dihisap oleh pompa melewati saluran pipa exhaust menuju grounding tank selama proses pembakaran terjadi.
• Pompa hisap akan kembali difungsikan setelah wastafel  selesai digunakan untuk membersihkan gelas ukur/wadah bahan kimia.
• Seluruh limbah beracun sisa eksperimen diolah dan dibuang sesuai dengan prosedur.

Selain limbah beracun dari laboratorium, Universitas Telkom menghasilkan limbah medis yang pengelolaan limbahnya langsung oleh Telkom Medika sebagai klinik kesehatan Universitas Telkom, proses pengolahan limbah medis di Klinik Telkomedika Telkom University bekerjasama dengan pihak ke-3 yaitu PT. Tenang Jaya Sejahtera. Pengolahan Limbah ini sudah sesuai dengan Keputusan Mentreri Negara Lingkungan Hidup Republik Indonesia Nomor : Kep-58/MENLH/12/1995 tentang Baku Mutu Limbah Cair bagi kegiatan Rumah Sakit/klinik.